O impacto ambiental da MCH é praticamente zero. Pelo seu tamanho reduzido, não é necessária nenhuma supressão vegetal (corte de árvores), e toda a água utilizada na geração é devolvida para o curso normal do rio, sem nenhuma alteração nas suas propriedades. Além disso, a captação de água é feita no próprio leito do rio, sem necessidade de represamento ou alagamento.